A Ilha Magdalena abriga uma das maiores colônias de pinguim-de-Magalhães da Patagônia. Entre setembro e abril, centenas de casais chegam para nidificar, e a ilha inteira se enche de ruído e movimento.
Chega-se navegando pelo Estreito de Magalhães. Já na ilha, uma trilha sinalizada sobe até o farol histórico e atravessa a área de nidificação: os pinguins caminham a poucos metros, entrando e saindo de suas tocas, sem pressa por nossa causa. Nos arredores é comum avistar albatrozes-de-sobrancelha-negra, mandriões, trinta-réis, biguás e gaivotas.
Esta é a única de nossas navegações que também se aproxima da Ilha Marta, onde vive uma colônia de lobos-marinhos. Se as condições climáticas permitirem, a embarcação navega em frente a ela por cerca de dez minutos, sem desembarcar: os lobos são vistos do convés, deitados na rocha ou entrando na água. São duas ilhas do mesmo monumento natural em uma única saída.
A caminhada na ilha é suave. A rota pode ser modificada conforme as condições climáticas.